古代蒙古族劳动人民以游牧生活为主,狩猎为辅,还有些相应的家庭手工业。他们劳动和生息在北方辽阔的蒙古草原和茂密的森林之中。信仰萨满教。在同自然界和疾病作斗争的实践中，他们逐步积累了原始的医疗知识，发明了最早的医疗保健方法。可惜传下来的史料很少。根据有关著作的记载，那时已经出现了适应当时社会生活条件的蒙古医药知识。如灸疗、外伤治疗与正骨
、饮食疗法、民间用药等。
成吉思□时期，蒙古军大举西征，建立起横跨亚欧的四个蒙古□国。1271年，成吉思□的后裔忽必烈入主中原，建立元朝，并于1279年统一了中国。忽必烈建立的元朝，沟通了国内各民族以及东西方之间的经济、文化交往，同时也使中外医药科学有了更多的联系和交流。元代医事制度除设太医院、御药院外，还在大都(北京)和上都（开平）各设回回药物院一所。太医院饮膳太医忽思慧著有《饮膳正要》三卷，为中国最早的营养学专著。回回药物院的《回回药方》（36卷）是一部以反映西部少数民族和阿拉伯医学为主要内容的著作，现仅存残书四卷。
在历史发展过程中，蒙医学先后吸取了藏医学及部分中医学理论，逐步形成了既有独特理论又有丰富医疗经验的近代蒙医药学术体系。如元代蒙医学家沙图穆苏用汉文撰写了《瑞竹堂经验方》15卷，其中治疗风寒湿痹的方剂较多，所载方剂几百首，其中有些方剂实用而有效，至今仍被采用。14世纪，蒙古族翻译家沙拉布僧格，将古代印度佛学巨著《金光明最胜王经》从维吾尔文和藏文译成蒙文，其中有古代印度医学--吠陀医学部分。由此印度传统医学书初次被引进蒙古地区。特别是在16世纪，随着西藏□嘛教的传入，西藏《四部医典》和印度医学《寿命吠陀--八支心要集》等藏、印医学理论，开始在蒙古地区传播。于是蒙古族医学家在传统医疗经验的基础上，学习并掌握了印、藏医学之核心占星五元学说和三根（赫依、希拉、巴达干）理论，并把它与中医学的阴阳五行学说相互渗透加以吸收。当时，许多蒙医药学家将汉、藏医学理论和印度医学理论灵活地、创造性地同本民族的生活、生产、疾病情况以及地区特点结合起来，编写了大量的医药学著作，为蒙医药学基础理论的发展奠定了基础。其中有代表性的是：17世纪著名蒙医药学家占布拉著《医法海鉴》一书，记述了蒙医治疗各科疾病的方药，是一部较完整的蒙药方集。18世纪蒙医药学家松巴·堪布一伊舍巴拉吉尔著《甘露滴珠》、《甘露医理》、《甘露诊疗》、《甘露临证鉴别诊疗集》、《识药晶鉴》等一整套蒙医药著作。还有蒙医药学家洛布桑·索勒日哈木著《脉诀概要》、《巴莎木制药法》、《药物识别》等著作。19世纪蒙医药学家占布拉道尔吉著《蒙药正典》一书,共收集了879种药物，并附有576幅插图。还有著名蒙医药学家罗布桑·全普乐，通过一生的临床实践，较全面地总结了前人的经验，著有《实用蒙医药学》一书。19世纪末至20世纪初，蒙医药学发展到了一个新的阶段，先后涌现出许多医学家和蒙医学专著：如著名蒙医药学家伦日格·丹达尔著有《诃黎勒·晶珠医药学鉴》、《增补医疗解释》等。库西卡编著了《蒙医验方集》，并附有蒙、藏、汉、满四体合璧的蒙药名录；伊希·丹森旺吉勒编著了《红珊瑚方剂》；吉格木德·丹森扎木莎编著了《普乐方》；敖斯尔编著了《医方与手法》；阿格旺隆日格·图布丹尼玛编著了《珊瑚珠方》等。这些著作的出版使蒙医药学日趋完善，逐步形成了具有鲜明北方民族医药特点和地域特点的近代蒙医药学。为保障北疆各族人民的健康及蒙古族的繁衍生息作出了贡献。
中华人民共和国成立后，党的民族政策和中医（民族医）政策，促进了蒙医药事业的迅速发展。在内蒙古广大牧区及部分农区，普遍建立了蒙医医院，使蒙医药在医疗保健上发挥了重要作用。广大蒙医药工作者在防治常见病、多发病、地方病及疑难病方面都取得了很大成就。内蒙古自治区和部分盟市先后建立了一批蒙医药科研机构，在系统理论、药物、临床等方面的研究都取得了显著成就。自治区还建立了蒙医高等院校，培养了大批新型蒙医药人才，使蒙医药学的发展后继有人。近年来,广大蒙医药工作者广泛地搜集各地的蒙药方剂,对全区各地的蒙药资源进行了普查,开展了采、种、制、用的活动，并加强了科学研究工作。同时建立了规模较大的现代化蒙药制药厂，以满足区内外的需要。
